ILMerge

おや、これは何だろう。mkbundleの追っかけでもなさげだけど。

Currently, ILMerge works only on Windows-based platforms. It does not yet support Rotor or Mono. It runs in the v2.0 .NET Runtime, but is also able to merge v1 or v1.1 assemblies.

ですって。つーかいくらILMergeでサポート出来ても、.netfxのライセンスじゃmkbundleみたいなことはできないわけで。ご愁傷様。